Élevée dans l’austère et étouffante université Jordan College à Oxford, Lyra Belacqua et son dæmon (une expression de l’âme humaine extérieure au corps, qui adopte une apparence animale), apprennent fortuitement l’existence de la Poussière. Il s’agit d’une étrange particule que le Magisterium (le bras armé d’une Église toute-puissante et radicalisée) pense être le fruit du Péché originel. Des érudits ont en effet observé que cette Poussière est moins attirée par l’innocence des enfants que par l’expérience des adultes. Des savants, avec le soutien de l’Église, entament de terrifiantes expérimentations sur la Poussière en utilisant des enfants kidnappés dans toute l’Angleterre, et envoyés dans les royaumes glacés du Grand Nord. Lyra s’engage à la poursuite de ces kidnappeurs d’enfants, qui ont notamment capturé son meilleur ami Roger. Dans son périple, elle croisera la route d’aventuriers, d’ours en armure et de sorcières; elle apprendra en outre à se servir de l’aléthiomètre, un lecteur de vérité, et découvrira les secrets de l’univers ainsi que les forces qui s’assemblent autour de sa propre existence et de sa destinée exceptionnelle.